Mikoto Misaka est une jeune fille étudiant dans la cité scolaire. Cette vile gigantesque accueille les espers, des personnes douées de dons particuliers, afin qu'ils puissent y étudier et développer leurs aptitudes. Ces espers sont classés en fonction de leur niveau: du plus bas, 0 (absence de dons) à 5, le maximum ayant été observé. Mikoto étudie au collège de Tokiwadai, établissement exclusivement réservé aux filles qui exige de ses étudiantes d'être au moins au niveau 3;

Elle a la capacité de contrôler les champs électriques et magnétiques et est classé troisième parmi les sept espers de niveau 5 que compte la ville, signifiant qu'elle est l'une des plus puissante.

Elle loge avec sa colocataire, Kuroko Shirai qui est de niveau 4 et qui possède le don de la téléportation et fait partie de Judgment, une organisation chargée de mener des enquêtes afin de régler les problèmes internes de la cité scolaire. 

Toutes les deux sont accompagnées de deux autres de leurs amies vont enquêter et essayer de résoudre différentes affaires allant de la simple délinquance au complot mettant en danger la cité toute entière.

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